miércoles, 13 de febrero de 2019

Practica No 8 Biología V grupos 606, 608 y 609

Diferentes métodos de extracción resultan en diferente pureza y rendimiento de ADN. Algunos de los métodos han sido evaluados sistemáticamente para aplicaciones específicas tales como muestras de suelo y sedimento, microbioma humano, y muestras fecales.
Extracción orgánica.


En este método convencional, ampliamente utilizado, las células son lisadas y los restos celulares se eliminan generalmente por centrifugación. Las proteínas son desnaturalizadas/digeridas utilizando una proteasa y precipitadas con disolventes orgánicos tales como fenol, o una mezcla 1:1 de fenol y cloroformo, y el precipitado de proteínas es eliminado por centrifugación. El ADN purificado suele ser recuperado por precipitación con etanol o isopropanol. En presencia de cationes monovalentes como el Na+, y a temperatura de -20°C, el etanol absoluto precipita eficientemente los ácidos nucleicos poliméricos dejando atrás ácidos nucleicos monoméricos y de cadena corta, incluyendo los ribonucleótidos del tratamiento con RNAsa en solución. Este método utiliza disolventes orgánicos tóxicos, relativamente laborioso, y el fenol o cloroformo residual pueden afectar las aplicaciones subsiguientes tales como la PCR

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Ejercicio de genética Biología IV grupo 504


La determinación de las características de una población, nos permite comprender la variación intraespecifica, recordemos que toda característica genética tiene al menos dos alelos de expresión (uno dominante y otro recesivo) si nos referimos a la herencia clásica desarrollada por Mendel, o la expresión de alelos múltiples que nos hacen referencia a la herencia intermedia descrita por Morgan.

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lunes, 11 de febrero de 2019

Actividad de Biología IV, Cariotipo grupos de la Mtra. Biciego


¿Qué es un Cariotipo?
Es el patrón cromosómico, que describe las características de sus cromosomas, ordenados de acuerdo a su morfología y tamaño, y representa a todos los individuos de una especie. El cariotipo normal de un ser humano es: Mujeres: 44 autosomas y 2 cromosomas sexuales (XX): 46, XX. Para el hombre son: 44 autosomas y 2 cromosomas sexuales (XY): 46, XY.

¿Cómo se realiza un cariotipo?
Mediante el cultivo de células, las más comúnmente empleadas son: Sangre (Linfocitos), Médula ósea, Líquido amniótico, Vellosidades curiales, Placenta. 1. Las muestras de células son cultivadas en el laboratorio. 2. Posteriormente, se procesa el cultivo celular, se obtienen los cromosomas y se tiñen. 3. Se observan al microscopio para examinar el tamaño, la forma y el número de cromosomas.

¿A quién se realiza un cariotipo?
· Recién nacidos con malformaciones congénitas.
· Niños con retraso en el desarrollo y crecimiento.
· Individuos con ambigüedad de genitales. · Adolescentes sin desarrollo de caracteres sexuales secundarios.
· Parejas con abortos de repetición.
· Parejas infértiles.
· Para hacer diagnóstico prenatal
· Para apoyo diagnóstico de padecimientos. Ej. Leucemia.

¿Para qué se realiza un cariotipo?
Permite la detección de anomalías numéricas y estructurales en la dotación cromosómica de un individuo. Ejemplos de estas alteraciones son:
§ Síndrome de Down
§ Síndrome de Klinefelter
§ Cromosoma Filadelfia
§ Trisomía 18
§ Síndrome de Turner

Beneficios del cariotipo
El diagnóstico oportuno de una alteración cromosómica o cromosomopatía permite el manejo apropiado del paciente. Por otro lado, la confirmación de una cromosomopatía favorece el asesoramiento genético para todos los miembros de la familia. También la canalización y conocimiento del cariotipo de un individuo ayuda a reconocer la naturaleza del porqué de estos problemas genéticos, cómo sucedió, porqué sucedió, y ofrecer a aquellas personas que lo padecen y a las personas que los rodean (familiares, amigos) un estilo de vida mejor y más sano socialmente, libre de prejuicios y culpabilidades que puedan tener o sentir debido a esto.

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martes, 5 de febrero de 2019

Práctica No. 8 Lluvia ácida Biología IV grupo 517


El agua de lluvia por naturaleza es ligeramente ácida, en un grado que ayuda a disolver algunos minerales del suelo que son necesarios para los animales y las plantas. Sin embargo, sus efectos se han acentuado peligrosamente en los últimos años… Tanto es así, que actualmente la lluvia ácida es considerada uno de los problemas ambientales más graves en el mundo. 
Los mayores culpables de este fenómeno son las plantas de carbón generadoras de electricidad, las fábricas y los escapes de automóviles. La lluvia ácida se origina cuando los contaminantes del aire se disuelven con la humedad del aire formando ácido sulfúrico, ácido nítrico y ácido clorhídrico. Estos compuestos alteran la composición normal de las gotas de agua que forman las nubes y al precipitarse originan la lluvia ácida (pH menor a 5.6).
Los compuestos químicos de la lluvia ácida son corrosivos, y pueden llegar a desprender la pintura de los automóviles y disolver los materiales de las edificaciones, esculturas, monumentos y otros elementos de la infraestructura urbana en la Ciudad de México. 
Los seres humanos somos los responsables de la lluvia ácida y paradójicamente también sufrimos sus efectos: puede causar irritación en los ojos y la piel, así como trastornos respiratorios. Cuando las personas respiran esos sulfatos, sus conductos aéreos se constriñen y el flujo de oxígeno a los pulmones disminuye. 
Pero el problema no para ahí. La acidez del agua de lluvia afecta gravemente a los ecosistemas, sobretodo a la vida acuática, pues envenena a peces y plantas. 
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Practica Cromatografia BIOLOGÍA V 605,607

 Tilacoides:
 Los tilacoides son membranas planas con una gran relación superficie / volumen. Son vesículas individuales de la membrana fotosintética que se encuentran flotando en el estroma y que no están conectadas con la envoltura del cloroplasto. En los tilacoides se pueden diferenciar dos regiones, la parte en que las membranas adyacentes están apiladas (formando unos agregados denominados grana) y la parte en que las membranas están en contacto con el estroma y que sirve para conectar los grana entre sí. El nombre de grana hace referencia a los pequeños granos verdes distinguibles al microscopio óptico.
Utilizando técnicas de criofractura, aislamiento y separación de las porciones granales y estromáticas se ha llegado a la conclusión de que los tilacoides granales son sólo el 5 % del total. La vesícula está completamente aplanada, por lo que una sección transversal ofrece el aspecto de dos membranas paralelas muy juntas que se unen en los extremos. Generalmente, pueden encontrarse de 40 a 60 granas por cloroplasto y de 5 a 20 tilacoides por grana.
El sistema lamelar está presente prácticamente en todos los cloroplastos, sin embargo, no todos presentan granas. En plantas superiores existe una familia denominada C4, con niveles de fijación de CO2 notablemente superiores a las demás, que contienen dos tipos de cloroplastos: los que tienen grana en las células del mesófilo y los del parénquima perivascular que carecen de ellos.
En la membrana se han podido aislar varios complejos, entre los que cabe destacar las asociaciones entre pigmentos y proteínas, que son los componentes funcionales de la fotosíntesis. Estos están embebidos en la membrana y orientados según sus características físico-químicas.
Las membranas tilacoidales son similares a otros celulares; contienen proteínas y lípidos en una relación 1:1 en peso. La matriz de la membrana es una bicapa lipídica compuesta fundamentalmente por carbohidratos que contienen glicolípidos. Los carbohidratos hidrofílicos están colocados en la superficie, en contacto con el exterior, mientras que las partes hidrofóbicas se proyectan hacia el interior. Embebidos en la membrana se encuentran proteínas funcionales y complejos lipoproteícos. En contacto con las membranas fotosintéticas, o embebidos en ellas, encontramos los componentes de la cadena transportadora de electrones, distribuidos en cuatro partes funcionales:
1-    Los complejos captadores de la luz: formados por pigmento-proteínas.
2-    Los centros de reacción: que reciben la energía absorbida y producen las primeras reacciones fotoquímicas.
3-    La cadena transportadora de electrones y protones, a través de la membrana.
4-    El “coupling factor” responsable de la síntesis química de energía en forma de ATP.
Fotosistema II
El fotosistema II (PSII) es un complejo multiproteico (Seibert, 1993) que se localiza en las membranas granales. Se trata de un conjunto de proteínas de membrana que contiene, al menos, 25 polipéptidos; está presente en todos los organismos fotosintéticos oxigénicos y puede ser dividido en diferentes partes según su funcionalidad. Sus componentes son la antena extrínseca LHCII y la unidad central o “core complex”.
Esta, a su vez, se divide en antenas intrínsecas, el centro de reacción (RCII) y las proteínas extrínsecas asociadas a la fotólisis del agua. El mecanismo del fotosistema II es de especial interés porque permite el uso de agua como única fuente de hidrógeno para la fotosíntesis, lo que tiene importantes consecuencias bioenergéticas adicionales debido a la producción de oxígeno como un producto de desecho.
El complejo fotosintético del PSII cataliza la fotólisis del agua y la transferencia fotoinducida de electrones desde el agua a las plastoquinonas. La unidad central del PSII, también llamada “oxygen evolving core complex” (complejo OEC), puede ser definida como la unidad mínima capaz de producir la separación de cargas, reducir las quinonas y emitir oxígeno como subproducto de la reacción (Ghanotakis y Yocum, 1986).
Una parte de los componentes del complejo interno del PSII están integrados en la membrana tilacoidal, mientras que la otra está compuesta por proteínas extrínsecas fijadas a la superficie lumenal.
El centro de reacción contiene varios polipéptidos: D1, D2 y Cyt b559, mientras que el conjunto del complejo interno contiene además los polipéptidos CP47 y CP43, el extrínseco de 33 kD y otros de menor peso molecular.
La denominación D1 y D2 proviene de los polipéptidos que se resuelven por electroforésis en gel de acrilamida como bandas "difusas" y fueron descubiertos por Chua y Gilham (1977).
Se denomina D1 a la banda correspondiente a "la proteína de 32 kD a la que se ligan herbicidas" y D2 a "la proteína similar a la de 32 kD". Estos dos polipéptidos forman parte del centro de reacción del PSII y tienen ligadas cuatro moléculas de clorofila a, dos feofitinas, un β-caroteno y un hierro no hemínico.
Dos de estas clorofilas forman probablemente el donador primario fotoquímico (P680) del PSII. Estas dos clorofilas son idénticas a las que se encuentran en los complejos de antena, pero su función no es la de captador de luz, sino la de promocionar electrones a un estado superior de energía (Hankamer et al., 1997). En la Figura 1.7 se muestra la estructura tridimensional del PSII.
El centro de reacción del PSII está alimentado por una gran antena captadora de luz, que contiene varios cientos de moléculas de clorofila por centro de reacción. La mayoría de los captadores de luz están localizados en distintos complejos embebidos en las membranas del tilacoide.

El LHCIIb es la forma del LHCII que ha sido estudiada con mayor detalle y es la más abundante con un contenido medio del 40 % de la clorofila tilacoidal. Su composición consiste en 6-13 moléculas de clorofila por apoproteína y dos o tres moléculas de xantofila (Chitnis y Thornber, 1988). Aunque este complejo de antena ha sido aislado in vitro como un monómero, la microscopía electrónica ha demostrado que, in vivo, se agrupan en estructuras triméricas (Kuhlbrandt, 1984, Li, 1985).

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Practica No. 8 área foliar y fotosíntesis grupos de Biología IV de la Mtra. Biciego


¿Qué es el IAF? El índice de área foliar (IAF) es la expresión numérica adimensional resultado de la división aritmética del área de las hojas de un cultivo expresado en m2 y el área de suelo sobre el cual se encuentra establecido, también expresado en m2.

El IAF permite estimar la capacidad fotosintética de las plantas y ayuda a entender la relación entre acumulación de biomasa y rendimiento bajo condiciones ambientales imperantes en una región determinada.

¿Qué aplicación tiene? Es una herramienta útil para el desarrollo de modelos predictores de cosecha y una forma precisa de estimar la capacidad de captura de luz del dosel vegetal.

Aunque la intercepción de luz tiende a saturarse en IAF>3, la distribución de las hojas puede afectar la eficiencia de uso de la luz.

El IAF también sirve para evaluar el desarrollo y crecimiento de los cultivos en los estudios de requerimientos hídricos y evaluaciones sobre eficiencia bioenergética o determinar el daño producido por plagas y enfermedades sobre el follaje.

La estimación del rendimiento en distintos cultivos puede basarse en el IAF determinado en alguna etapa fenológica y previamente correlacionado mediante algún método de determinación: destructivo, no destructivo, in situ o determinaciones por métodos empíricos.

Esta correlación deberá ser realizada para un cultivo bajo condiciones regionales acotadas.  
A nivel experimental se ha demostrado que la acumulación de materia seca hasta la cosecha y el IAF son características con estrecha correlación con el rendimiento para cultivos como: cereales, tubérculos, solanáceas, leguminosas y cultivos industriales, sin descartar a otros.

¿Cómo se mide? El IAF puede estimarse por diferentes métodos:

Métodos destructivos: consiste en la toma de muestras representativas del cultivo y se contabiliza el área foliar por medio de ceptómetros (integrador de área electrónico).

Cálculo empírico del IAF: Tomar dos plantas por unidad de estudio, medir y multiplicar largo por ancho de cada hoja, el resultado multiplicarlo por el factor 0.75, sumar los valores obtenidos de cada hoja por planta, promediar resultados de cada planta. Posteriormente determinar el área de suelo ocupada por planta.

Finalmente el IAF será determinado dividiendo el área foliar de la planta entre el área de suelo ocupada por esta.

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jueves, 24 de enero de 2019

Practica No. 7 respiración grupos de Biología IV y V de la Mtra. Biciego


El proceso por el cual las células degradan las moléculas de alimento para obtener energía recibe el nombre de RESPIRACIÓN CELULAR.

La respiración celular es una reacción exergónica, donde parte de la energía contenida en las moléculas de alimento es utilizada por la célula para sintetizar ATP. Decimos parte de la energía porque no toda es utilizada, sino que una parte se pierde.

Aproximadamente el 40% de la energía libre emitida por la oxidación de la glucosa se conserva en forma de ATP. Cerca del 75% de la energía de la nafta se pierde como calor de un auto; solo el 25% se convierte en formas útiles de energía. La célula es mucho más eficiente.
La respiración celular es una combustión biológica y puede compararse con la combustión de carbón, bencina, leña. En ambos casos moléculas ricas en energía son degradadas a moléculas más sencillas con la consiguiente liberación de energía.

Tanto la respiración como la combustión son reacciones exergónicas.

Sin embargo, existen importantes diferencias entre ambos procesos. En primer lugar la combustión es un fenómeno incontrolado en el que todos los enlaces químicos se rompen al mismo tiempo y liberan la energía en forma súbita; por el contrario la respiración es la degradación del alimento con la liberación paulatina de energía. Este control está ejercido por enzimas específicas.

En segundo lugar, la combustión produce calor y algo de luz. Este proceso transforma energía química en calórica y luminosa. En cambio, la energía liberada durante la respiración es utilizada fundamentalmente para la formación de nuevos enlaces químicos (ATP).

La respiración celular puede ser considerada como una serie de reacciones de óxido-reducción en las cuales las moléculas combustibles son paulatinamente oxidadas y degradadas liberando energía. Los protones perdidos por el alimento son captados por coenzimas.

La respiración ocurre en distintas estructuras celulares. La primera de ellas es la glucólisis que ocurre en el citoplasma. La segunda etapa dependerá de la presencia o ausencia de O2 en el medio, determinando en el primer caso la respiración aeróbica (ocurre en las mitocondrias), y en el segundo caso la respiración anaeróbica o fermentación (ocurre en el citoplasma).

RESPIRACIÓN AERÓBICA
En presencia de oxígeno, la etapa siguiente de la degradación de la glucosa es la respiración, es decir la oxidación escalonada del ácido pirúvico a dióxido de carbono y agua.
La respiración aeróbica se cumple en dos etapas: el ciclo de Krebs y el transporte de electrones y la fosforilación oxidativa (estos dos últimos procesos transcurren acopladamente).

En las células eucariotas estas reacciones tienen lugar dentro de las mitocondrias; en las procariotas se llevan acabo en estructuras respiratorias de la membrana plasmática.

Estructura de las Mitocondrias

Las mitocondrias están rodeadas por dos membranas, una externa que es lisa y una interna que se pliega hacia adentro formando crestas. Dentro del espacio interno de la mitocondria en torno a las crestas, existe una solución densa (matriz o estroma) que contiene enzimas, coenzimas, agua, fosfatos y otras moléculas que intervienen en la respiración.

La membrana externa es permeable para la mayoría de las moléculas pequeñas, pero la interna sólo permite el paso de ciertas moléculas como el ácido pirúvico y ATP y restringe el paso de otras. Esta permeabilidad selectiva de la membrana interna, tiene una importancia crítica porque capacita a las mitocondrias para destinar la energía de la respiración para la producción de ATP.

La mayoría de las enzimas del ciclo de Krebs se encuentran en la matriz mitocondrial. Las enzimas que actúan en el transporte de electrones se encuentran en las membranas de las crestas.

Las membranas internas de las crestas están formadas por un 80 % de proteínas y un 20 % de lípidos.

En las mitocondrias, el ácido pirúvico proveniente de la glucólisis, se oxida a dióxido de carbono y agua, completándose así la degradación de la glucosa.

El 95 % del ATP producido se genera, en la mitocondria.

Las mitocondrias son consideradas organoides semiautónomos, porque presentan los dos ácidos nucleicos (del tipo procarionte) las crestas mitocondriales aparecen cubiertas por partículas en forma de hongo, que tienen un tallo más fino que las unen a la membrana. Estas estructuras son las llamadas partículas F1 y representan una porción de la ATP asa especial que interviene en el acoplamiento entre la oxidación y la fosforilación. Las partículas F1 se encuentran en la membrana interna, del lado relacionado con la matriz; le confieren una asimetría característica relacionada con la función de la ATP asa.

Para concluir, es importante destacar que el ciclo de Krebs se lleva a cabo en la matriz mitocondrial; mientras que el transporte de electrones y la fosforilación oxidativa se producen a nivel de las crestas mitocondriales.

En la fotosíntesis, la energía lumínica se convierte en química y se fija carbono en compuestos orgánicos.

Los fotosintetizadores o autótrofos elaboran hidratos de carbono a partir de CO2 y agua y liberan O2 a la atmósfera. Son estos organismos los que mantienen estables las concentraciones de CO2, y O2 atmosféricos.

En la respiración aeróbica los compuestos orgánicos son degradados a CO2 y H2O con la concomitante producción de energía química bajo la forma de ATP.

FOTOSÍNTESIS

En la primera etapa o etapa lumínica, la energía del sol es captada por la clorofila y otros pigmentos accesorios, provocando una serie de reacciones de óxido--reducción que propulsan la síntesis de ATP; la reducción de la coenzima NADP a NADPH y la oxidación de moléculas de H2O liberando O2 al medio. En la siguiente etapa o ciclo de Calvin el NADPH y el ATP (productos de la anterior etapa) se utilizan para reducir al CO2 que el vegetal toma del medio, a carbono orgánico. Si falta alguno de estos sustratos, el proceso se detiene.

Son necesarias 6 vueltas al ciclo para formar una molécula de glucosa partir de 2 moléculas de PGAL.

Este compuesto también se puede utilizar como material inicial para  elaborar otros compuestos orgánicos que la célula necesita.

RESPIRACIÓN

La oxidación de la glucosa es una fuente principal de energía en la mayoría de las células.
La primera fase de este proceso es la glucólisis, en la cual la molécula de glucosa (6C), se escinde en dos moléculas de ácido pirúvico (3C). Este paso produce un rendimiento neto de 2 moléculas de ATP y dos moléculas de NADH.

La segunda fase de la degradación de la glucosa es la respiración aeróbica que ocurre en tres etapas: ciclo de Krebs, transporte de electrones y fosforilación oxidativa.

En ausencia deO2 el ácido pirúvico de la glucólisis se convierte en etanol o ácido láctico mediante fermentación. En el curso de la respiración las moléculas de ácido pirúvico se fraccionan en grupos acetilos; los cuales ingresan al ciclo de Krebs. En este ciclo los grupos acetilos se oxidan por completo a CO2, se reducen cuatro aceptores de electrones (tres NAD+ y Un  FAD) y se forma GTP.

La etapa final de la respiración es el transporte de electrones y la fosforilación oxidativa (se dan acopladamente). En este paso intervienen una cadena de transportadores de electrones que transportan los electrones de alta energía aceptados por el NADH y el FADH2 viajando cuesta abajo hacia el oxígeno.